En canon:
Janeway se convierte en vicealmirante. Eso es todo lo que se confirma en el canon.
Podemos hacer suposiciones, lo más probable es que Voyager haya sido reacondicionada con una tecnología más moderna de la Federación y su Cuadrante Delta y la tecnología futura con la que fue equipada se eliminaron y analizaron para realizar mejoras en la tecnología actual de la Federación.
Durante esto, varios miembros de la tripulación probablemente fueron promovidos (Kim es la opción obvia) y la tripulación de Marquis probablemente se les ofreció un puesto permanente en la Flota Estelar (no es que todos lo tomen).
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Muchos regresarían a la Voyager (después de una extensa licencia en tierra) mientras que algunos podrían ser transferidos a otras embarcaciones; Sin embargo, estoy bastante seguro de que Janeway se aseguraría de que toda su tripulación tuviera puestos decentes.
En no Canon
Este tema exacto es lo que cubre la serie de novelas de Kirsten Beyer para Pocket Voyager, comenzando en ‘Full Circle’.
Recomiendo encarecidamente esta serie si está interesado en descubrir lo que sucede a continuación, y esta explicación es tan buena como cualquier otra.