¿Supongo que el problema es que cuando haces clic en un enlace PDF se carga en tu navegador en lugar de descargarlo?
Si ese es el caso, simplemente haga clic con el botón derecho en el enlace (también puede hacer clic con el botón de control si está usando una Mac) y elija descargar el destino, o la opción equivalente que muestra su navegador. Esto le indica que deje de intentar mostrarlo y simplemente descargue el archivo por usted.
Si ya tiene un PDF en su navegador, busque controles de superposición que ofrezcan una opción de descarga y botones de zoom. Safari hace esto, otros también pueden hacerlo.
Finalmente, hacer clic en un enlace alternativo (o mantener presionada la tecla Alt mientras se recarga), al menos en Mac, se descargará en lugar de mostrar el destino, incluso si se trata de una página HTML.
¿Ayuda esto o he adivinado mal cuál es exactamente el problema?