Hay algunos aspectos de esto y su valor depende de sus objetivos finales, pero en general estos son los puntos principales:
- PDF solo permite un diseño fijo (pero siempre se pensó que era así, para producir un archivo que apareciera como se imprimiría).
- ePub 3.0 es capaz de refluir contenido o diseño fijo (ePub 2.0 tiene menos soporte para diseño fijo).
- Ambas versiones de ePub se basan en formatos web existentes y conocidos (ePub 2.0 es XHTML 1.1 y CSS 2; ePub 3.0 es [X] HTML 5 y CSS 2.1 con partes de CSS 3). Mientras que PDF es lo suyo.
- Aunque las especificaciones tanto para ePub como para PDF están disponibles gratuitamente, generalmente es mucho más fácil extraer contenido de un PDF de una manera que permita convertirlo a otros formatos. PDF a veces puede facilitar esto y otras veces no, depende mucho de la forma en que se produjo el PDF.
- Es mucho más fácil editar o modificar un ePub existente que modificar un PDF (la mayoría de los casos en los que se edita un PDF solo se logra guardando un nuevo archivo sobre el anterior porque realmente se modifica el contenido sin modificar la referencia cruzada tabla dentro de ella solo resultaría en un archivo dañado).
- Cuando un PDF se modifica de alguna manera, siempre queda alguna reliquia del contenido anterior o la configuración. Es por eso que no es posible eliminar todos los metadatos de un PDF si fuera necesario desinfectar uno. Mientras que desinfectar un ePub es lo mismo que desinfectar cualquier página web. Los metadatos se encuentran fácilmente en el OPF y otros archivos XML dentro del contenedor zip; solo requiere abrir la cosa y hacer los cambios deseados.
- ePub todavía se puede usar para producir archivos PDF utilizando uno de varios paquetes de software (por ejemplo, wkhtmltopdf o Prince XML) que utiliza HTML o XHTML y CSS para producir el PDF.
Sin embargo, todo esto es algo discutible, porque ambos formatos tienen objetivos muy diferentes. La mayoría de los escritores o editores generalmente recibirán un mejor servicio al crear contenido en algún otro formato que pueda convertirse fácilmente a uno o ambos de ePub o PDF.