Como han dicho otros, la primera versión publicada debería ser la mejor. Suponiendo que lo hizo, pero luego encontró formas de mejorar la historia, simplemente puede cargar un nuevo PDF interior (o portada) sin cambiar el número ISBN. No conozco ningún inconveniente. Alguien que mira o compra su libro no sabrá que había una versión anterior.
Si cambia el ISBN, perderá las opiniones que haya acumulado en el antiguo ISBN. Estás comenzando desde cero con un nuevo libro. Ver múltiples libros con el mismo título confundirá a los lectores. No se tomarán el tiempo para investigar cada versión; simplemente comprarán un libro de otro autor.
No puedo enfatizar lo suficiente lo importante que es hacer el libro correctamente en la primera publicación. No desea ninguna reseña que diga: “Este libro es basura mal editada”. Esas reseñas lo perseguirán por el resto de la vida del libro, incluso si luego corrige los errores.