Por lo general, una acción GoTo de marcadores está vinculada a una referencia de página explícita (no un número de página) en el mismo documento, por lo que insertar una nueva página no debería romper los marcadores (eliminar o reemplazar un objeto de página al que apunta un marcador obviamente romperá el acción de marcador).
Si estamos hablando de acciones de GoToR remotas (un enlace a un número de página en un documento diferente), insertar una nueva página en el documento remoto puede dar como resultado la acción de marcador en el PDF original que apunta a la página incorrecta. Esta es la razón por la cual es preferible usar destinos con nombre para las acciones de GoToR porque los destinos con nombre están vinculados a un objeto de página, no a un número de página.
En resumen: insertar una página no debería romper los marcadores si los marcadores se crearon correctamente de acuerdo con la especificación PDF y apuntan a páginas dentro del mismo documento.