Es un paquete de instalación de Windows. Imagine un archivo zip que contiene todos los archivos que componen un programa, además de algunas instrucciones sobre qué hacer al instalarlos *. Windows viene con un programa (el servicio de instalación de Windows) que puede descomprimir un archivo msi, leer las instrucciones e instalar el programa.
Los archivos MSI son geniales, ya que solo contienen lo que realmente desea instalar: la maquinaria para instalar y desinstalar ya es parte de Windows, por lo que Microsoft lo actualiza y admite (y no necesita descargarlo) , ahorrando algo de ancho de banda).
La mayoría de los paquetes de Linux (rpm y deb y similares) funcionan de manera similar (archivo de archivos + instrucciones), aunque también tienden a tener una lista de otros paquetes que requieren para ejecutarse. No creo que los paquetes MSI tengan una forma de especificar dependencias, pero por otro lado, las aplicaciones de Windows tienden a ser independientes.
* Dónde colocar los archivos, qué texto mostrar en el instalador, cualquier entrada de registro necesaria, cualquier cosa especial que deba hacer para desinstalar el programa, qué archivo usar como icono, ese tipo de cosas.
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