NO es una trama.
La simple razón por la que Nagato no le devolvió la vida a Yahiko fue porque no quería hacer eso. Cuando Yahiko murió, su última palabra fue “Eres el salvador del mundo”. Es en ese momento que Nagato se dio cuenta de lo cruel que era el mundo shinobi y solo él puede cambiar el mundo (creyó lo que Jiraya le dijo que algún día él será el que traerá un gran cambio en el mundo Shinobhi). Entonces, básicamente, es en este momento que se dio cuenta de que era su responsabilidad cambiar el mundo y que él es el salvador de este mundo maldito y tener a Rinnegan es una prueba de que él es el elegido. Entonces, si hubiera revivido a Yahiko, habría muerto al hacerlo, ya que este jutsu resulta en la muerte del lanzador. Entonces, básicamente, habría muerto sin cumplir el último deseo de Yahiko de salvar al mundo shinobi. Nagato eligió el último deseo de Yahiko y su sueño que revivir a Yahiko para que no cambie nada. Entonces eligió el mundo sobre una vida.