Eso es porque los Nueve Colas no solo fueron sellados en Naruto por nada. Estaba sellado dentro de él por su propio padre Namikaze Minato, el entonces Cuarto Hokage de Konoha. Minato usó un sello de muerte en Naruto por el cual dividió las Nueve Colas en sus mitades Yin y Yang y selló la parte Yang en Naruto mientras sellaba la parte Yin en sí mismo y se sacrificaba. La única persona que sabía que Naruto era el hijo del Cuarto Hokage era el Tercer Hokage. La última solicitud de Minato a su predecesor fue asegurarse de que Naruto creciera para ser un buen Ninja que defendiera sus valores y enorgulleciera a la aldea. El Hokage quería que Naruto controlara sus poderes y en el peor escenario posible donde los Nueve Colas tomarían el control y se volverían locos, puso a Naruto y Sasuke en el mismo equipo para que cuando llegara el momento, Sasuke pudiera traer a los Nueve -Colas bajo control. Además de todo esto, tener un Jinchuuriki de tu lado es de gran valor, especialmente si el Ninja tiene su Bestia de Cola bajo control. Así que por eso creo que Naruto no fue asesinado solo porque tenía las Nueve Colas dentro de él.
Espero que haya ayudado. 🙂