La respuesta inteligente es “cualquier forma que le resulte útil”, lo que puede depender un poco de si posee el libro o no.
Si el libro no es tuyo, entonces debes concentrarte en formas que no marquen el libro en absoluto; tal vez comience una página de cuaderno separada con columnas de número de página / comentario y complétela a medida que avance en el libro. Si toma muchas notas y las revisará más tarde, doble el espacio de las notas o deje espacios en blanco para que pueda agregar conclusiones o más comentarios más adelante.
Si eres el propietario de la novela, entonces depende de ti si haces notas al margen o no. Todavía prefiero notas separadas y un cuaderno si me estoy volviendo realmente serio con el contenido. Los márgenes son excelentes para marcar buenas citas o agregar ??? si crees que el autor perdió la trama en algún lugar cercano.
Personalmente, busco notas electrónicas para la mayor parte de eso y trato de preservar mis libros en las mejores condiciones (es decir, vendibles). Comenzaré una nota de Evernote para la novela e insertaré una imagen de la página o sección correspondiente por cortesía de mi teléfono móvil (Android) cada vez que llegue a un punto interesante.
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En algunos casos he escrito una crítica después; en (la mayoría) de los demás no me molesto porque estoy leyendo por diversión, no por créditos. Pero el teléfono sigue ahí para ese momento ocasional de WTF cuando sucede algo inesperadamente alucinante …