Ortografía: ¿Todos los hablantes de árabe y hebreo leen un texto de la misma manera, es decir, colocan el mismo conjunto de vocales entre estas consonantes?

No puedo hablar en hebreo, pero en árabe, hay dos conjuntos de vocales, largas y cortas. Los largos se escriben mientras que los cortos no. Sin embargo, un hablante nativo de árabe puede leerlos correctamente con las vocales cortas porque hay ciertas ‘plantillas’ por las cuales conoce la vocal que falta. Hay marcadores en las letras para indicar vocales cortas, pero generalmente se descartan, excepto en tres casos: libros para niños (que recién están aprendiendo a leer), libros destinados a enseñar árabe no árabe y el Corán (estos signos fueron inventados después del Islam para que los no árabes puedan leer el Corán sin cometer errores en las vocales).

Por lo general, cuando se transcribe una palabra extranjera, las vocales cortas se escriben como las largas. Como ejemplo, en el nombre inglés Alice, la i es una vocal corta, pero cuando se escribe en letras árabes se escribe أليس con una i larga. Esto a veces causa confusión, si un árabe lo está leyendo y está familiarizado con el origen inglés, lo leería Alice, de lo contrario, probablemente lo leería como Alees.

La escritura hebrea estándar omite la mayoría de las vocales. Algunas consonantes se usan para marcar vocales (matres lectionis), (H al final de la palabra para a, Y para I, W para o o u). Este fenómeno ya existe en el hebreo bíblico, pero los guiones modernos lo usan para más palabras. En cierto sentido, tiene razón: para reducir la ambigüedad, se usan esas letras: MNHL podría leer tanto la administración de menahel como la de minhal. Para desambiguarlos, este último generalmente se escribe MYNHAL: la Y indica la vocal i.

Incluso en la escritura normal, algunas vocales se indican con letras consonantes:
http://en.wikipedia.org/wiki/Mat

Ver también:
http://en.wikipedia.org/wiki/Kti
El uso liberal de letras para indicar vocales es común en la transcripción de palabras extranjeras. En hebreo, o / u constantemente obtiene vav y yo constantemente obtiene yod, mientras que a / e corto no recibe ninguno.

Los signos diacríticos de las vocales se usan en las Escrituras y en algunos textos escolares, pero quedan fuera de la escritura normal.

La imagen es similar para el árabe, excepto que los dialectos hablados han divergido y tienen diferencias en las vocales y en otros lugares, mientras que la escritura está en el idioma estándar cercano al clásico.