Las respuestas aquí son buenas, así que solo agregaré algunas aclaraciones adicionales. ePub es esencialmente un estándar que define el formato de su contenido (XHTML), lo que está permitido en ese contenido (texto, formatos de imagen, formatos de video, etc.), cómo se debe empaquetar, organizar y mostrar ese contenido.
Para crear un ePub, necesita ciertos archivos en su lugar, como un archivo llamado minetype, un archivo package.xml, un archivo OPF y sus archivos de contenido XHTML. Luego, comprime los archivos ePub en un cierto orden y nombra el archivo zip con una extensión “.epub”.
En la mayoría de los casos, puede tomar un archivo ePub, cambiarle el nombre a .zip y extraer el archivo. A continuación, puede tomar el programa propietario kindlegen.exe de Amazon y ejecutarlo contra los archivos descomprimidos. Lo que obtendría es un archivo mobi.
¿Por qué “en la mayoría de los casos” y no “en todos los casos”? Porque Amazon ha decidido admitir solo la mayoría de los estándares de ePub. Por ejemplo, ePub admite secuencias de comandos para libros interactivos, pero Amazon realmente no lo admite.
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Para su trabajo típico de ficción, o libros técnicos básicos que son solo texto e imágenes, la única diferencia real es que un archivo está comprimido y el otro es generado por un producto creado por Amazon.
También señalaré que Amazon no es tan estricto como ePub. Por ejemplo, Amazon es más indulgente si no se adhiere a contenido XHTML estricto.