Como la mayoría de nosotros ya sabemos, Yamato es un sujeto de prueba experimentado por Orochimaru. Él es el único vivo de muchos sujetos de prueba que orchimaru experimentó con las células del dios Shinobi, Hashirama Senju.
Más tarde fue llevado a la raíz, dirigido por Danzo de la aldea de la hoja. Hatake Kakashi luego descubre las habilidades del niño que es el único con ninjutsu especial para usar el elemento Mokuton después del dios shinobi, que se supone que es el motivo del experimento del orochimaru.
Hatake Kakashi saca el yamato de la raíz con la ayuda de Sandaime Hokage. A partir de entonces, Yamato sirve en la división ANBU que está bajo el mando directo del Hokage.
Yamato se considera un nivel de capitán ANBU para dar una breve introducción de su fuerza. Se graduó de la academia a los seis años y se convirtió en chunin justo después de eso y antes de ser secuestrado por orochimaru. Con sus habilidades con mokuton, tiene la capacidad de suprimir, controlar Jinchurikis y biju chakras, pero no al nivel de Hashirama.