Usa LaTeX.
Sí, * podría * usar Pages. Puede usar Word con la misma facilidad, y muchas personas envían documentos como PDF generados a partir de Word. ¿Pero honestamente? Ellos son feos. Puede distinguirlos fácilmente de los documentos de Latex, y sea justo o no, a menudo es un buen indicador de la experiencia y, en algunos casos, de la capacidad de investigación de los autores.
Eso puede sonar injusto y un poco presuntuoso, pero es cierto al menos en mi experiencia personal. No todos, pero muchos de los que usan Word a menudo lo hacen porque no quieren lidiar con un poco más de complejidad como el precio a pagar por tener documentos más controlados y de aspecto más profesional.
Las páginas se ven mejor que Word, pero tendrán los mismos problemas con las referencias cruzadas automáticas. De hecho, probablemente sea un poco más difícil obligar a las páginas a parecerse a Latex que a Word.
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En pocas palabras, si te tomas en serio la escritura de documentos, aprende Latex. La gran cantidad de funciones profundas lo ayudarán más adelante, incluso si las considera inútiles en este momento.
Ah, y debido a que es texto y se puede compilar a partir de múltiples documentos, Latex es MUCHO mejor en edición colaborativa que Word / Pages. Y no, GoogleDocs no cuenta como un editor real.