Bioinformática: ¿Cuáles son los mejores libros de texto sobre gráficos de Bruijn y sus aplicaciones?

Answer 1

A2A.

¿Un libro de texto dedicado a los gráficos de Bruijn y sus aplicaciones a la bioinformática? Dudo que haya uno. Parece limitar el alcance de un libro de texto completo. Sin embargo, si alguien encuentra uno, avíseme ya que estaría extremadamente interesado en leerlo.

Su mejor opción sería leer conferencias en línea o trabajos de investigación recientes sobre este tema.

Hay un gran tutorial que encontré en un conocido blog de bioinformática que explica los gráficos de Bruijn y el ensamblaje del genoma con bastante claridad.

Aquí también hay algunos documentos que vale la pena revisar:

• Cómo aplicar gráficos de Bruijn al ensamblaje del genoma (Nature, 2011)
• Ensamblaje de novo y genotipado de variantes usando gráficos de Bruijn coloreados (Nature, 2012)
• Oasis: robusto ensamblaje RNA-seq de novo en todo el rango dinámico de niveles de expresión (Bioinformatics, 2012)
• MEGAHIT: una solución ultrarrápida de un solo nodo para ensambles de metagenómica grandes y complejos a través del gráfico sucinto de Bruijn (Bioinformatics, 2015)

Answer 2

Creo que este enlace dos ayudaría a comprender mejor con ejemplos y fragmentos de código. Hay muchos, pero siempre creo en seguir las charlas o los PDF de presentaciones que son una forma más ingenua de aclarar los conceptos básicos en lugar de un lenguaje de libro que, en la mayoría de los casos, es súper editado y florido. ¡¡Aclamaciones!!

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http://www.cs.jhu.edu/~langmea/r …

http://www.nature.com/nbt/journa …

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/ …